O TCU identificou impropriedades nos estudos de viabilidade, referentes a quantitativos de pessoal e de veículos, que repercutem na formação do valor da tarifa-teto de pedágio. De acordo com o Tribunal, os quantitativos de pessoal e de veículos previstos nas planilhas de cálculo superam em quase duas vezes os montantes especificados em documentos legais prestados pela atual incumbente.
De acordo com o Tribunal, as superestimativas detectadas concorrem para que a projeção de gastos totais com mão de obra no EVTEA da Ponte Rio-Niterói supere a previsão de despesas em concessões recentes, realizadas por igual prazo mas com trechos sessenta vezes mais extensos. O TCU estima que as despesas operacionais ao longo do empreendimento podem ter um decréscimo da ordem de R$ 600 milhões, caso sejam retificados os quantitativos de pessoal e de veículos, conforme os dados constantes nos últimos relatórios anuais da ANTT e nos relatórios de demonstrações financeiras da incumbente.
O TCU determinou que a ANTT abstenha-se de publicar o edital para concessão da ponte até que os custos de mão-de-obra e de veículos, contidos nas despesas operacionais do empreendimento, sejam retificados para valores compatíveis com os custos incorridos pela atual concessionária. Também foram recomendados procedimentos a serem tomados pela ANTT a fim de aperfeiçoar esta e futuras concessões pela agência.