A operação de terminais portuários por empresas privadas levou a uma guerra aberta no setor, opondo os grupos econômicos privados detentores de arrendamentos dentro dos portos públicos às empresas que operam terminais privados, fora dos portos. A questão está sendo analisada pelo STF (Supremo Tribunal Federal).
O foco da disputa é a operação com contêineres (ou carga geral) fora da área do porto público. As empresas que operam nos portos públicos (como Santos Brasil e Libra) argumentam que as que se instalaram fora desses espaços e movimentam carga geral (como Portonave, Embraport e outras) competem em condições desiguais, porque têm custos mais baixos, principalmente os relativos à mão de obra.
Os terminais que são construídos fora da área do porto público não passam por processo licitatório. O interessado pede autorização à Antaq (Agência Nacional de Transportes Aquaviários), que analisa o projeto e concede ou não.
Inicialmente, a questão não era polêmica porque os terminais privativos serviam, basicamente, para movimentar a carga do próprio grupo econômico que os construía. Nesse caso, são exemplos os terminais da Vale, para escoamento de minério a granel.
A questão começou a se complicar quando foram autorizados terminais privativos para movimentação de contêineres. Nesse caso, fica difícil determinar o que é e o que não é carga própria. Em 2008, o decreto nº 6.620 definiu que os terminais privativos terão movimentação "preponderante de carga própria e, em caráter subsidiário e eventual, de terceiros".
Não ficou definido o que é "subsidiário e eventual". A agência reguladora tem fiscalizado e multado empresas que embarcam pouca carga própria, mas muitos terminais foram autorizados antes da vigência do decreto e antes mesmo da criação da agência, o que torna a regulamentação difícil.